Frauen und Männer haben unterschiedliche gesundheitliche Probleme, zeigen ein unterschiedliches Körper- und Krankheitsbewusstsein und haben deshalb auch unterschiedliche Anforderungen an das Gesundheitssystem. Frauen gehen z.B. eher zum Arzt und nehmen ihre Gesundheit ernster als Männer, die einen Arztbesuch meist so weit wie möglich hinausschieben.
Schon bei Mädchen und Jungen fallen Unterschiede im Gesundheitsverhalten ins Auge: Jungen äußern sich kaum über Krankheitssymptome und verdrängen diesbezügliche Ängste, sie tendieren auch eher zu Extremsportarten und konsumieren unkritisch leistungssteigernde Mittel. Mädchen haben oft aufgrund der medialen Vorbilder ein gestörtes Verhältnis zu ihrem Körper und neigen zu gesundheitsschädlichen Diäten. Darüber hinaus sind Mädchen öfter als Jungen Opfer sexueller Gewalt mit entsprechenden körperlichen und seelischen Folgen.
Wichtige Unterschiede gibt es z.B. auch im Suchtverhalten: Frauen trinken und rauchen weniger, sind jedoch eher medikamentenabhängig und zeigen Essstörungen. Doch auch immer mehr junge Männer leiden darunter. Auf zehn oder zwölf magersüchtige Mädchen und Frauen kommt nach Schätzungen ein junger Mann. In den Fachkliniken verabschiedet man sich deshalb von dem Klischee, Magersucht sei eine "Mädchenkrankheit". Die Krankheitsverläufe sind oft schwerer, auch weil die Jungen später als Mädchen ärztliche Hilfe suchen. Familien, Lehrer und Lehrerinnen haben gerade erst ihren Blick für magersüchtige Mädchen geschärft und schieben Magerkeit bei Jungen eher auf das Wachstum. Gender Mainstreaming würde hier bedeuten, für Jungen eine eigene Strategie gegen Magersucht zu entwickeln.
Es gibt Krankheiten, die eher als Männerkrankheiten wahrgenommen werden, z.B. der Herzinfarkt. Das hat zur Folge, dass sich Ursachenforschung und die Erprobung von Therapieformen mehr an Männern orientierten, während der spezifische Krankheitsverlauf bei Frauen mit seinen zum Teil andersartigen Symptomen lange Zeit unerkannt blieb und damit auch die entsprechenden Heilmethoden nicht entwickelt wurden. Bei Frauen wurden Herzinfarkte deshalb oft nicht rechtzeitig erkannt und behandelt mit der Folge, dass Frauen öfter an Herzinfarkten starben als Männer, obwohl diese öfter daran erkranken.